Biología computacional

En este curso aprenderás un poco de biología computacional, adquirirás nociones de las herramientas linux, git, RAST y microreact.

Calendario

Viernes 22	Sábado 23
	Sesión 4 Redes de información (7:00 - 9:00 am)
Sesión 1 (9:00 - 12:00 am) Introducción y bash	Sesión 5 (9:10 -12:10) Análisis de secuencias Git y Markdown
Comida (12:00-12:45)	Comida (12:10-12:50)
Sesión 2 (12:45 - 03:45 pm) Algoritmos Biológicos	Sesión 6 (12:50-3:50) Arboles y metadatos
Sesión 3 (04:00 - 7:00 pm) Bases de datos	Sesión 7 (4:00 -7:00 pm) Proyectos y exposición

Informacion General

Aqui puedes encontrar un documento colaborativo donde compartiremos información relevante, links, y respuestas a preguntas que surjan durante el taller. Dos de nuestras lecciones linux y git son parte del contenido habitual de software carpentry una organización dedicada a enseñar habilidades de cómuto para hacer más en menos tiempo y con menos sufrimiento, usaremos estas dos lecciones con su permiso. Las otras dos lecciones fueron pensadas de acuerdo a las necesidades específicas de nuestro centro de trabajo.

Temario detallado

Sesión 1 Introducción y Linux bash 1.1 Introducción a la biología y genética molecular. Aplicaciones de biología computacional. 1.2 Biohack y la filosofía open software. Diseño en TinkerCad 1.3.1 Linux/Unix, Principios básicos del Shell 1.3.2 Comandos para el manejo de archivos y directorios 1.3.3 Pipes y filtros	Sesión 2: Algoritmos Biológicos 2.1 Ensamblado 2.2 Alineamiento 2.3 BLAST (16s) 2.4 Algoritmos de Bash Loops
Sesión 3 Bases de datos, mapas y uso de paquetes de análisis 3.1 NCBI 3.2 MIBiG 3.3 antiSMASH 3.4 Creando tu script de bash 3.5 Paquete de análisis: RAST	Sesión 4 Redes de información y estructura de proteinas 4.1 PriA ¿por qué se necesitan redes? 4.1 Operones y STRING 4.2 Roseta,y evcouplings para la reconstrucción 3D 4.3 Scripts en bash
Sesión 5 Análisis de secuencias y GIT o drive 5.1 Alineamiento 5.2 Contenido de GC 5.3 El respaldo y documentación de scripts 5.3.1 La importancia de documentar y respaldar el trabajo informático 5.3.2 Git Guardar los scripts en internet 5.3.3 MD Crear documentación organizada 5.3.4 Wiki git Documentar extensivamente scripts	Sesión 6 Árboles y metadatos 4.1 Crear un árbol a partir de un alineamiento 4.2 Metadatos en proyectos genómicos 4.3 MicroReact y la visualización de metadatos.
Sesión 7 Dudas sobre el proyecto final	Sesión 8 Exposición de proyectos

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Entregables

El objetivo del curso será que los alumnos tengan un panorama general de la Biología computacional, y que la vivan a través del desarrollo de sus primeros programas.
1) Github con un script 25%
2) Bacteria identificada 5%
3) Exposición de Proyecto 70%

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Instalaciones y requerimientos previos

Setup

Para participar en este taller necesitas acceso al siguiente software. Además necesitarás acceso a un navegador como chrome o firefox.

Aqui hay una referencia de posibles problemas durante la instalación. Wiki de problemas de instalación y sus soluciones. .

El Bash Shell

Bash es un intérprete de comandosque te da poder de hacer tareas simples rápidamente.

Windows

Video Tutorial

1. Baja para windows el instalador de git .
2. Corre el instalador y sigue los siguientes pasos:
   1. Click en "Next".
   2. Click en "Next".
   3. Manten el "Use Git from the Windows Command Prompt" seleccioinado y click en "Next". Si se te olvida hacer esto algunos programas que necesitarás no funcionaran correctamente. Si esto te pasa regrésate al paso anterior del instalador y selecciona la opción correcta.
   4. Click en "Next".
   5. Mantén "Checkout Windows-style, commit Unix-style line endings" seleccionado y click en "Next".
   6. Mantén "Use Windows' default console window" seleccionado y click en "Next".
   7. Click en "Install".
   8. Click en "Finish".
3. si tu variable de ambiente "HOME" no está lista (o no sabes qué es esto):
   1. Abre el prompt (Abre el menu start, escribe cmd y presiona enter [Enter])
   2. Escribe la siguiente línea en la ventana del promt exactamente como se muestra:

      setx HOME "%USERPROFILE%"

   3. Presiona [Enter], debes de ver SUCCESS: Specified value was saved.
   4. Para salir del prompr escribe exit y presiona enter [Enter]

Esto te dará ambos Git y Bash en el programa Git Bash.

macOS

El shell por default en todas las versiones de macOS es Bash, asi que no debes instalar nada. Podrás accesar a Bash desde la Terminal (que se encuentra en /Applications/Utilities). Para la instalación de Git aqui tenemos un video tutorial for an example on how to open the Terminal. Tal vez quieras mantener la Terminal en tu dock para este taller.

Linux

El shell es usualmente Bash, pero si tu máquina es diferente puedes abrir una terminal y escribir bash. No se necesita intalar nada