# Algoritmos en biología  
Un algoritmo es un proceso con pasos finito que tiene un principio y un final. Por ejemplo cambiar una llanta es un algoritmo. En Biología se aplican mucho algoritmos matemáticos y computacionales.  

## Algoritmos de ensamblado  
Cuando se te entrega un genoma secuenciado genoma este viene en muchos pedazos de tamaño relacionado a la tecnología utilizada para secuenciar. Para poder encontrar genes y comparar tu genoma con otros genomas, hace falta ensamblarlo. Existen algoritmos para hacer esto desde la terminal, nosotros haremos un ejercicio práctico.   

### Ejercicio  
Ensambla tu genoma y encuentra a quién pertenece. ¿Qué profundidad tiene? ¿De qué tamaño son tus pedazos en promedio? ¿Cómo le fue a tu compañero?  Discute los resultados y anótalos en el [documento colaborativo ](https://etherpad.net/p/compbio)  

## Distancia entre dos secuencias  
La distancia mas simple entre dos secuencias es un 0 si tienen la misma base o un 1 si no la tienen. Mira el siguiente ejemplo 
![dis1](distanciaH1.png)  
¿Qué pasa aquí?  
![dis2](dist2.png)  

Cuál es la distancia de Hamming entre la secuencia 1 y las demás secuencias?? 

>seq1  
CAGGACCACACA  
>seq2  
CAGGACCACACA  
>seq3  
CACGACCACACA  
>seq4  
CGGACCACACA  
¿Qué distancia te gustaría que fuera?  

## Algoritmos de alineamiento    
Como podemos ver, eventos evolutivos como las deleciones e inserciones crean la necesidad de alinear secuencias para poder obtener un mejor estimado de sus distancias evlutivas.  

### Ejemplo 1    
>seq1  CAGGACCACACA   
>seq3  CA-GACCACACA   

### Ejemplo 2
El 16s es una de las secuencias ms conservadas, vamos a hacer un alineamiento entre las secuencias de 16s de estos organismos. Vamos a alinearlos:

>NR_112305.1 Streptomyces coelicolor strain NBRC 12854 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
ACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGATGAACCGCTTTCGGGCGGGGATTAGTGGC
GAACGGGTGAGTAACACGTGGGCAATCTGCCCTGCACTCTGGGACAAGCCCTGGAAACGGGGTCTAATAC
CGGATATGACTGTCCATCGCATGGTGGATGGTGTAAAGCTCCGGCGGTGCAGGATGAGCCCGCGGCCTAT
CAGCTTGTTGGTGAGGTAGTGGCTCACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCAC
ACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAG
CCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGAAGAAGC
GAAAGTGACGGTACCTGCAGAAGAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGCG
CAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGCGGCTTGTCACGTCGGTTGTGAAAGCCCG
GGGCTTAACCCCGGGTCTGCAGTCGATACGGGCAGGCTAGAGTTCGGTAGGGGAGATCGGAATTCCTGGT
GTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGATCTCTGGGCCGATACTGAC
GCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGGTGGGC
ACTAGGTGTGGGCAACATTCCACGTTGTCCGTGCCGCAGCTAACGCATTAAGTGCCCCGCCTGGGGAGTA
CGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGCTTAATTC
GACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATACACCGGAAACGTCTGGAGACAGGCGCCCCCTTGT
GGTCGGTGTACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACG
AGCGCAACCCTTGTCCCGTGTTGCCAGCAGGCCCTTGTGGTGCTGGGGACTCACGGGAGACCGCCGGGGT
CAACTCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTGCACACGTGCTAC
AATGGCCGGTACAATGAGCTGCGATACCGCGAGGTGGAGCGAATCTCAAAAAGCCGGTCTCAGTTCGGAT
TGGGGTCTGCAACTCGACCCCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCATTGCTGCGGTGAAT
ACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGTCACGAAAGTCGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCCA
ACCCCTTGTGGGAGGGAGCTGTCGAAGGTGGGACTGGCGATTGGGACGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTA
CCGGAA

>LC026160.1 Streptomyces lividans gene for 16S ribosomal RNA, partial sequence, strain: AS2
GGGGAGCTCTGCAGTCGACGATGACCACTTCGGTGGGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGC
AATCTGCCCTGCACTCTGGGACAAGCCCTGGAAACGGGGTCTAATACCGGATACTGACCCTCGCAGGCAT
CTGCGAGGTTCGAAAGCTCCGGCGGTGCAGGATGAGCCCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGAGGTAATGG
CTCACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCA
GACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTG
AGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGAAGAAGCGAAAGTGACGGTACCTGCAGAA
GAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTG
GGCGTAAAGAGCTCGTAGGCGGCTTGTCGCGTCGGTTGTGAAAGCCCGGGGCTTAACCCCGGGTCTGCAG
TCGATACGGGCAGGCTAGAGTTCGGTAGGGGAGATCGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATA
TCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGATCTCTGGGCCGATACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGG
AGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGGTGGGCACTAGGTGTGGGCAACATTCCA
CGTTGTCCGTGCCGCAGCTAACGCATTAAGTGCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAA
AGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGCTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTAC
CAAGGCTTGACATACACCGGAAAGCATCAGAGATGGTGCCCCCCTTGTGGTCGGTGTACAGGTGGTGCAT
GGCTGTCGTCAACTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCCCGTGGT
GGCCACCAGGCCCTTGGGGTGCTGGGGAACTCACGGGAAAACCGCCGGGGTCAAATCCGAAGGAAAGTGG
GGGACGACGTCAAAGTCTTCATTGCCCCTTATGGTCTTGGGCTGGCCACCGTGGCTACAAATGGCCCGGT
ACAAATGAACTTGCGATACCCGCCAGGGTGGAAGCGAAACCTCAAAAAGCCCGGTTCCAATTCCNGAATG
GGGGGCTTCGAACCTCACCCCCCTGGAAAGTCCGAGATCCCCTAGGAATCCGGAAATACCCATTTTGCGC
GGGGTAAAACATTTTCCCGCGGCCTTTTTTACACACGCCGCCCTTAAACTCTCAAGAAATTCTTGTACAC
CCCCCAGGAACCGGGTGGCCCCCACCCTCTTTTGGGGGAAGGGACTGTTCCCAAAGGTGGGGTTCCCGGC
ACTGGGGGGGGAATNGTTTTCCTCAAGAAGGTAA

Alineador [embl](https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/)

## Blast  
Basic Local alignment search tool. Blast es un alineador múltiple de secuencias que nos ayuda a encontrar otras parecidas. Hagamos blast del 16s de Streptomyces coelicolor.  
[blastn](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch)  
[blastp](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Proteins)  

## Haz tu propio algoritmo  
Algoritmos en linux, [lección de loops](https://swcarpentry.github.io/shell-novice-es/05-loop/index.html)  

### Lectura ¿Qué son los modelos de Markov?  
Discute este [artículo](https://www.nature.com/articles/nbt1004-1315) con tus compañeros