# Sesión 3 Bases de datos, mapas y uso de paquetes de análisis  

## Introducción
Las bases de datos pueden ser públicas o privadas, acumulan información de los organismos y usualmente tienen algún paquete de análisis asociado a ellas. 

### Ejemplo 1 
[Clavigenomics](https://nselem.github.io/clavigenomics/) una base de datos de Clavibacter michiganensis Bacteria patógena de tomate.  

## Otros ejemplos  
### [NCBI](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)  
NCBI es una de las grandes bases de datos biológicas. Hay inormacion de genes, genomas proteinas, etc de muchos organismos.  

![Streptomyces](strepto.png)  
Descarga el genoma de Streptomyces coelicolor y del organismo que te tocó en el ensamblado de genomas. 
Anota su taxonomía en el documento colaborativo.  


### [RAST](http://rast.nmpdr.org/rast.cgi)  
RAST es un anotador automático. Encuentra genes codificantes y les asigna función.  
Anota en RAST Streptomyces coelicolor y tu organismo ensamblado  
Compáralos  

### [MIBiG](https://mibig.secondarymetabolites.org)    
![antibioticos](antibioticos.png)  
Obten la secuencia de un gen que pertenezca a un cluster de antibióticos y anótala en el documento colaborativo  

### [antiSMASH](https://antismash.secondarymetabolites.org/#!/start)
Anota rápidamente los genomas de Streptomyces y de tu ensamblado. ¿Qué diferencias ves? Anóta tu conclusión en el documento colaborativo.  

### [Kegg](https://www.genome.jp/kegg/),[Brenda](https://www.brenda-enzymes.org/), [pfam](https://pfam.xfam.org/)     
Busca HisA en ambas bases ¿Qué obtienes? 
Toma la secuencia de HisA y analízala en pFAM, qué obtienes? 

¿Cómo son tus organismos en RAST?