# Arboles
Toma tus secuencias de RpoB  y conviértelo en un árbol.  
Links de ayuda  
[Alineador embl](https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/) muscle  
[Creador de árboles](http://www.phylogeny.fr/simple_phylogeny.cgi) 
¿Qué observaste?  

Ahora agrega esta secuencia y dime que observas?  
>Secuencia_misteriosa  
MLDTESRWAIAESFFKTRGLVRQHLDSFNDFLRNKLQQVIYEQGEIVTEVPGLKIKLGKIRYEKPSIRET
DKGPMREITPMEARLRNLTYSSPIFLSMIPVENNIEGEPIEIYIGDLPIMLKSVADPTSNLPIDKLIEIG
EDPKDPGGYFIVNGSEKVIIAQEDLATNRVLVDYGKSGSNITHVAKVTSSAAGYRVQVMIERLKDSTIQI
SFATVPGRIPFAIIMRALGFVTDRDIVYAVSLDPQIQNELLPSLEQASSITSAEEALDFIGNRVAIGQKR
ENRIQKAEQVIDKYFLPHLGTSPEDRKKKGYYLASAVNKILELYLGRREPDDKDHYANKRVRLAGDLFTS
LFRVAFKAFVKDLVYQLEKSKVRGRRLSLTALVRADIITERIRHALATGNWVGGRTGVSQLLDRTNWLSM
LSHLRRVVSSLARGQPNFEARDLHGTQWGRMCPFETPEGPNSGLVKNLALLAQVSVGINESVVERVAYEL
GVVSVEDVIRRISEQNEDVEKYMSWSKVYLNGRLLGYYEDGKELAKKIRESRRQGKLSDEVNVAYIATDY
LNEVHINCDAGRVRRPLIIVNNGTPLVDTEDIKKLKNGEITFDDLVKQGKIEFIDAEEEENAYVALNPQD
LTPDHTHLEIWPSAILGIIASIIPYPEHNQSPRNTYQSAMAKQSLGLYASNYQIRTDTRAHLLHYPQMPL
VQTRMLGVIGYNDRPAGANAILAIMSYTGYNMEDSIIMNKSSIERGMYRSTFFRLYSTEEVKYPGGQEDK
IVTPEAGVKGYKGKDYYRLLEDNGVVSPEVEVKGGDVLIGKVSPPRFLQEFKELSPEQAKRDTSIVTRHG
ENGIVDLVLITETLEGNKLVKVRVRDLRIPEIGDKFATRHGQKGVVGILIDQVDMPYTAKGIVPDIILNP
HALPSRMTIGQIMEAIGGKYAALSGKPVDATPFLETPKLQEMQKEILKLGHLPDSTEVVYDGRTGQKLKS
RILFGIVYYQKLHHMVADKMHARARGPVQILTRQPTEGRAREGGLRFGEMERDCLIGFGTAMLIKDRLLD
NSDKAVVYICDQCGYVGWYDRSKNRYVCPVHGDKSVLHPVTVSYAFKLLIQELMSMVISPRLILGEKVNL
GGASNE

## Metadatos  
Los metadatos son datos sobre los datos usualmente vienen en una tabla de excel, hay una serie de consejos sobre buenas prácticas de toma de metadatos. En cuanto a los datos las buenas prácticas nos dicen que siempre conservemos los datos originales.    

## Visualizando datos en [Microreact  ](https://microreact.org/)   

Microreact es una plataforma de visualización de datos especializado en epidemiología genómica. En particular ayuda a explorar árboles filogenéticos y mapas con los lugares dónde ocurrieron las infecciones.  

Nosotros utilizaremos esta plataforma para ver los lugares y años donde nacimos todos nosotros!   

###   Ejercicio primera parte
Llena con tus datos la [Hoja de cáculo de google drive ](https://docs.google.com/spreadsheets/d/19_9jTWjhbPhkDd-mGMBmxuycgxJek9FrbsIV7J79YKI/edit?usp=sharing)
  
Para agregar las coordenadas de tu lugar de nacimiento:
1) Abre [Google Maps  ](https://www.google.com.mx/maps)  
2) Busca tu lugar de nacimiento  
3) Da click derecho sobre el lugar del que quieres extraer las coordenadas. Debe aparecer un cuadrito en la parte inferior del mapa    (Si no aparece utiliza click derecho -> ¿Qué hay aquí?)
4) Pulsa sobre las coordenadas que están abajo del cuadro  
5) Copia y pega la latitud y longitud en las columnas de la hoja de cálculo que abriste en el paso   

## Recuerda que cuando se llena la hoja de cálculo se deben seguir las buenas prácticas de colecta de metadatos.

###   Ejercicio segunda parte
a) Abre [Microreact  ](https://microreact.org/)  
b) Inicia sesión utilizando tu cuenta de gmail  
c) Da click en Upload  
d) Ve a la hoja de cálculo y copia el link que está en 'File->compartir ->Publish' o 'Archivo->Publicar como tsv'  
e) Pega el link donde pide un archivo .csv  
f) da click en continue (without three)  
g) Ingresa el título de tu proyecto de visualización  
h) Visualiza tus resultados!  
i) Ahora visualiza resultados de [SARS CoV 2 en México](https://microreact.org/project/85AjpLvyqtUwLK133WGM3x-variantes-sars-cov-2-2022-enero)
### Visualización simultánea de árboles y mapas

Ahora regresa a la página principal de microrreact.  
Selecciona el proyecto 'Zika virus in the Americas', discute con tu compañero de al lado y escriban sus respuestas en el documento colaborativo.  
¿En dónde se tuvo el primer registro de este virus?  
¿Cuál fue el primer lugar de América en el que se detectó zika?  
¿En qué año fue la epidemia que se describe en este artículo?  
¿Cuál es el ancestro más cercano a los virus de la epidemia?  
¿Cuántos sitios de microencefalia en Brasil reportaron?
¿Cuáles virus tienen el genoma más grande y más chico?