La primera parte de la leccion de hoy será parte del programa de genómica de Software Carpentry: Manejo de Datos Genómicos la segunda parte será un visualizador de datos genómicos: microReact
Los metadatos son datos sobre los datos usualmente vienen en una tabla de excel, hay una serie de consejos sobre buenas prácticas de toma de metadatos. En cuanto a los datos las buenas prácticas nos dicen que siempre conservemos los datos originales.
Microreact es una plataforma de visualización de datos especializado en epidemiología genómica. En particular ayuda a explorar árboles filogenéticos y mapas con los lugares dónde ocurrieron las infecciones.
Nosotros utilizaremos esta plataforma para ver los lugares y años donde nacimos todos nosotros!
Llena con tus datos la Hoja de cáculo de google drive
Para agregar las coordenadas de tu lugar de nacimiento:
1) Abre Google Maps
2) Busca tu lugar de nacimiento
3) Da click derecho sobre el lugar del que quieres extraer las coordenadas. Debe aparecer un cuadrito en la parte inferior del mapa (Si no aparece utiliza click derecho -> ¿Qué hay aquí?)
4) Pulsa sobre las coordenadas que están abajo del cuadro
5) Copia y pega la latitud y longitud en las columnas de la hoja de cálculo que abriste en el paso
a) Abre Microreact
b) Inicia sesión utilizando tu cuenta de gmail
c) Da click en Upload
d) Ve a la hoja de cálculo y copia el link que está en ‘File->Publish’ o ‘Archivo->Publicar’
e) Pega el link donde pide un archivo .csv
f) da click en continue (without three)
g) Ingresa el título de tu proyecto de visualización
h) Visualiza tus resultados!
Ahora regresa a la página principal de microrreact.
Selecciona el proyecto ‘Zika virus in the Americas’, discute con tu compañero de al lado y escriban sus respuestas en el documento colaborativo.
¿En dónde se tuvo el primer registro de este virus?
¿Cuál fue el primer lugar de América en el que se detectó zika?
¿En qué año fue la epidemia que se describe en este artículo?
¿Cuál es el ancestro más cercano a los virus de la epidemia?
¿Cuántos sitios de microencefalia en Brasil reportaron?
¿Cuáles virus tienen el genoma más grande y más chico?